基础医学流动站

设在医学院，拥有教育部重点实验室、江苏省重点实验室、江苏省高新技术重点实验室、江苏省神经再生协同创新中心等优质资源。现有中国工程院院士、国家百千万人才工程、国家杰出青年基金获得者、中科院百人计划入选者、国家“973”项目首席科学家、教育部新世纪优秀人才、国家有突出贡献的青年专家、江苏省特聘教授、江苏省“双创”人才、江苏省“六大人才高峰”资助对象、江苏省“333工程”培养对象、江苏省高校教学名师、爱思唯尔“中国高被引学者”等。拥有国家级优秀教学团队1个，江苏省高校“青蓝工程”优秀教学团队2个，江苏省高校优秀科技创新团队2个。先后与江苏安惠生物科技有限公司、南通伊仕生物技术股份有限公司等联合培养博士后。

临床医学流动站

设在医学院，是“十四五”江苏省重点学科，ESI排名位列全球前2.5‰。拥有国家临床重点专科2个、国家级救治(指导)中心5个、国家级临床技能训练中心1个、“十四五”省临床医学中心1个、“十四五”省医学重点学科5个、省临床重点专科30个。现有享受国务院特殊津贴专家25人，现任中华医学会、中国医师协会专科分会、专业学组委员及以上职务230余人次；江苏省医学会专科分会副主任委员及以上职务34人次，其中主任委员6名，候任主任委员4名。先后与南通大学附属医院、南通市第一人民医院等联合培养博士后。

信息与通信工程流动站

设在信息科学技术学院，ESI工程学进入全球前5‰，上榜软科中国最好学科和世界一流学科。学院设有信息工程系、通信工程系、电子工程系、计算机科学与技术系、软件工程系、网络工程系等6个系和学院实验中心，其中南通大学EDA实验中心、南通大学信息与通信工程实验中心、南通大学计算机应用技术实验中心为江苏省高校实验教学示范中心。学院主持建设通科微电子学院和阿里云大数据学院两个政校企共建的产业学院，与清华大学通信研究团队合作共建南通先进通信技术研究院。南通大学通科微电子学院入选首批国家级现代产业学院。建有南通市电子信息技术公共服务平台、南通市虚拟现实技术公共技术服务平台、南通市高性能计算重点实验室，南通市射频产品设计与检测公共服务平台等。拥有国家“千人计划”专家、教育部新世纪优秀人才、江苏特聘教授等高层次优秀人才。先后与沃太能源股份有限公司、海迪科（南通）光电科技有限公司联合培养博士后。